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無料のソフトウェアIntegrative Genomics Viewer（IGV）を用いてBAMデータ，bigWigデ ータを閲覧する方法についてご説明します。 (1) IGVのダウンロードとインストール クリーニング後のリードを、データベースからダウンロードしたリファレンス配列、あるいはアセンブリーしたリファレンス配列にマッピングし、各リードがどの遺伝子に由来するのかを決定しいく。 5. 発現量取得 今回は、ダウンロードのサイトから、「Binary Distribution」（IGV_2.3.80.zip）をダウンロードしました。zipファイルを展開してインストール完了です。 IGVを起動する サルでもできるマッピングの次はサルでもできるリードカウントです。ん？サルでできるカウントならサルカン2018か、、、まあ、変えるのはめんどくさいので、サルマップシリーズで続けていくことにします。今回はRNAseqの解析なので、まずはリボゾームのリードを除いておきます。この辺り クラウドなので、いつでもどこでもデータのアップロード、ダウンロードが可能です。 簡単操作 ファイルをアップロードした後は、解析画面からファイルを選択するだけでも実行できます。サンプルのグルーピングも簡単です。 完全無料
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